Es muy habitual preguntarse hasta cuando se debe conservar la documentación relacionada con la actividad económica desarrollada, con el fin de justificar las operaciones realizadas.
Se debe conservar todo tipo de documentación, principalmente por dos posibles motivos: porque la normativa reguladora así lo obligue con carácter imperativo o porque puedan ser exigidos en el futuro, normalmente por la propia Administración en sus funciones de comprobación e inspección.
En este sentido, el primer plazo a tener en cuenta lo marca el art. 30 del Código de Comercio, que dispone que “Los empresarios conservarán los libros, correspondencia, documentación y justificantes concernientes a su negocio, debidamente ordenados, durante seis años, a partir del último asiento realizado en los libros, salvo lo que se establezca por disposiciones generales o especiales”.
Por tanto, desde el último día de cada ejercicio, toda la documentación correspondiente al mismo debe guardarse durante los siguientes seis años, ya sea de tipo contable, fiscal, laboral o mercantil, salvo que otra norma exija un plazo mayor.
Plazos de prescripción
Es habitual centrarse nada más que en los plazos de prescripción, sobre todo en materia tributaria, a la hora de establecer un calendario de conservación de la documentación de la empresa. En la siguiente tabla puede ver cuando prescriben las distintas obligaciones de forma general
Estos plazos de prescripción empezarían a contar desde el último día del plazo voluntario para la presentación de la liquidación o declaración correspondiente, en el caso de las infracciones fiscales y desde el mismo momento de cometerse la infracción en el resto de supuestos.

Materia Prescripción Normativa

Contable y mercantil. Conservación 6 años Art. 30 CC

Fiscal.Liquidar o exigir el pago de deudas tributarias
4 años Art. 66 Ley 58/2003

Fiscal. Comprobación de las bases o cuotas compensadas o pendientes
de compensación o de deducciones aplicadas o pendientes de aplicación

  10 años Art. 66 bis Ley 58/2003

Laboral. Infracciones 3 años Art. 4.1 Real Decreto Legislativo 5/2000

Seguridad Social. Infracciones 4 años Art. 4.2 Real Decreto Legislativo 5/2000

Prevención de Riesgos Laborales. Infracciones 5 años Art. 4.3 Real Decreto Legislativo 5/2000

Delitos contra la Hacienda Pública y la Seguridad Social
  10 años Art. 131 Ley Orgánica 10/1995

Sin embargo, quedarnos simplemente con estos plazos sería un error, sino que se debe actuar en función de las distintas operaciones y a las obligaciones que puedan surgir como consecuencia de las mismas. Como ejemplos de documentación que se tendrá que conservar durante más tiempo se pueden destacar:
Sobre préstamos: hasta que sean devueltos.
Del inmovilizado: hasta que sea amortizado y/o vendido.
Relativa a bienes de inversión: hasta que se haya cumplido el plazo de regularización del IVA (9 años para terrenos y edificaciones).
Correspondiente a ejercicios en los que se haya generado una base imponible negativa: hasta cuatro años después de su compensación.
Por último, si el plazo de prescripción de cualquier tipo de obligación es inferior al establecido con carácter general para la obligación de conservación, es recomendable seguir conservando la documentación al menos hasta llegar a los seis años antes mencionados.